Arrêt maladie indépendant : qui paie quoi, jour par jour ?

Un arrêt maladie indépendant met en mouvement plusieurs payeurs successifs, rarement les mêmes deux jours de suite, et presque jamais dès le premier jour. La confusion vient de là : un salarié voit un seul mécanisme s’enclencher (Sécurité sociale puis, souvent, complément employeur), tandis qu’un indépendant traverse un empilement de régimes qui n’interviennent ni au même moment, ni au même taux, ni pour la même durée. Voici, jour par jour, qui paie quoi.

Le mille-feuille de la couverture d’un indépendant en arrêt

Trois couches se superposent, et aucune n’est automatique dans son intégralité :

1. Le régime obligatoire (CPAM pour un artisan ou un commerçant affilié à la Sécurité sociale des indépendants, ou CPAM puis caisse professionnelle pour une profession libérale relevant de la CNAVPL). C’est la base, financée par vos cotisations sociales.
2. La caisse professionnelle de certaines professions libérales, qui prend le relais quand la CPAM s’arrête, mais seulement pour une partie d’entre elles et à des conditions très inégales.
3. La prévoyance complémentaire, facultative, souscrite en droit commun ou en contrat Madelin, qui vient combler ce que les deux premières couches laissent de côté.

Le piège classique consiste à ne regarder que la première couche, et à découvrir bien plus tard qu’elle ne commence pas au premier jour et qu’elle s’arrête, elle aussi, avant la fin d’un arrêt long.

Les 3 premiers jours : le trou de carence que personne ne comble

Quel que soit votre statut, un arrêt maladie ouvre un délai de carence de 3 jours avant tout versement de la CPAM. Ce délai s’applique de la même façon en cas d’hospitalisation : contrairement à une idée répandue, hospitaliser ne supprime pas la carence pour un indépendant (seule une affection de longue durée exonérante, si une première carence a déjà été retenue dans les 3 ans, peut la neutraliser sur un arrêt en lien avec cette ALD).

Concrètement, sur ces 3 premiers jours : personne ne paie, sauf si vous avez souscrit une prévoyance complémentaire avec une franchise très courte, voire nulle. La différence entre ce délai de carence (fixé par le régime obligatoire, non négociable) et la franchise d’un contrat privé (choisie à la souscription) est détaillée dans notre article carence ou franchise, que choisir.

Pour un indépendant dont la trésorerie professionnelle et personnelle est confondue (le cas le plus fréquent), ces 3 jours sans rentrée représentent déjà un signal d’alerte : ils reviennent à chaque nouvel arrêt initial, pas seulement au premier de l’année.

Qui paie à partir du 4e jour ? Ça dépend de votre statut

Passé la carence, la CPAM prend le relais, mais le montant et la durée varient fortement selon votre régime d’affiliation.

Statut	Payeur	Montant maximal 2026	Durée maximale
Artisan, commerçant (SSI)	CPAM	65,84 €/jour brut	360 jours sur 3 ans
Profession libérale (CNAVPL)	CPAM	197,51 €/jour brut	87 jours consécutifs
Avocat (CNBF)	Contrat collectif du barreau	~90 €/jour	Jusqu’au 90e jour, puis relais CNBF
Micro-entrepreneur	CPAM	Selon revenu retenu après abattement	Identique à son régime de rattachement (SSI ou CNAVPL)

Deux points structurent cette différence :

Le mode de calcul. Pour un artisan ou un commerçant, l’indemnité représente environ 1/730e du revenu annuel moyen des 3 dernières années (le RAAM), plafonnée à 65,84 €/jour. Pour une profession libérale relevant de la CNAVPL, le calcul suit une autre base et permet un plafond bien plus élevé, jusqu’à 197,51 €/jour, avec une durée d’indemnisation plus courte en contrepartie (87 jours, contre 360 sur 3 ans pour un SSI). Le détail du calcul est expliqué dans notre guide sur le calcul des indemnités journalières TNS.

Le seuil d’ouverture des droits. Aucune indemnité n’est versée si votre revenu annuel moyen retenu sur les 3 dernières années est inférieur à 4 806 € en 2026 (10 % du plafond annuel de la Sécurité sociale, ou PASS, fixé à 48 060 €). Un indépendant en tout début d’activité, ou avec un revenu déclaré volontairement faible, peut donc se retrouver sans le moindre droit à indemnisation, quelles que soient ses cotisations versées par ailleurs.

Le cas particulier de l’accident du travail

Un salarié bénéficie d’un régime spécifique et plus favorable en cas d’accident du travail (pas de carence, indemnisation à un taux plus élevé). Un indépendant, lui, ne relève pas automatiquement d’un régime accident du travail-maladie professionnelle (AT/MP) : qu’il se blesse en exerçant son activité ou en dehors, l’arrêt est traité comme un arrêt maladie ordinaire, avec les mêmes 3 jours de carence et le même plafond.

Une assurance volontaire AT/MP existe auprès de la CPAM (formulaire Cerfa dédié), mais elle reste peu souscrite et son coût s’ajoute aux cotisations déjà versées. Pour la plupart des indépendants, la vraie réponse à ce trou reste la prévoyance complémentaire, dont les garanties couvrent l’arrêt de travail quelle qu’en soit la cause (accident du travail compris ou non selon les clauses du contrat, à vérifier avant signature).

Le cas du micro-entrepreneur : un mille-feuille encore plus fin

Le micro-entrepreneur suit les mêmes règles que son régime de rattachement (SSI ou CNAVPL), avec une complication supplémentaire : son revenu retenu pour le calcul n’est pas son chiffre d’affaires, mais ce chiffre d’affaires amputé d’un abattement forfaitaire (34 %, 50 % ou 71 % selon l’activité). Deux micro-entrepreneurs au même chiffre d’affaires peuvent ainsi toucher une indemnité du simple au double selon leur catégorie d’activité déclarée. Le mécanisme complet, avec des exemples chiffrés par abattement, est détaillé dans notre article sur l’indemnisation en arrêt maladie de l’auto-entrepreneur.

Au-delà de 90 jours : la caisse professionnelle prend le relais (mais pas partout)

Pour un artisan ou un commerçant affilié à la Sécurité sociale des indépendants, la CPAM continue de verser jusqu’à 360 jours sur une période de 3 ans : pas de rupture brutale à ce stade.

Pour une profession libérale relevant de la CNAVPL, en revanche, le versement de la CPAM s’arrête au 87e ou 90e jour. Ce qui se passe ensuite dépend entièrement de la caisse professionnelle d’affiliation : un relais forfaitaire pour certaines (CARMF, CARPIMKO, CARCDSF), rien de substantiel pour d’autres (CIPAV, CAVP). Ce basculement, et ses conséquences concrètes selon votre caisse, sont détaillés dans notre article que se passe-t-il après 90 jours d’arrêt en profession libérale.

Où la prévoyance complémentaire s’insère dans ce mille-feuille

Une fois ces trois couches posées, la logique d’un contrat de prévoyance complémentaire devient plus lisible : il ne remplace aucune d’entre elles, il vient combler leurs manques, à trois endroits précis.

• Sur les 3 jours de carence, si vous choisissez une franchise très courte (voire nulle sur certains contrats haut de gamme), au prix d’une prime plus élevée.
• Entre le plafond du régime obligatoire et votre revenu réel, dès le 4e jour, puisque 65,84 €/jour ou même 197,51 €/jour reste souvent inférieur au revenu net habituel d’un indépendant installé.
• Après l’arrêt du versement CPAM pour une profession libérale (dès le 91e jour), là où certaines caisses laissent un vide total.

Le calibrage du montant d’indemnités journalières complémentaires à souscrire, en partant de vos charges fixes réelles, suit une méthode chiffrée précise que nous détaillons dans notre guide de calcul des indemnités journalières TNS.

Erreurs à éviter

Confondre son régime avec celui d’un confrère d’un autre statut. Un artisan et un professionnel libéral affilié à la CNAVPL ne suivent ni le même barème, ni la même durée d’indemnisation. Vérifiez toujours le régime exact de vos cotisations URSSAF avant de vous fier à un chiffre entendu ailleurs.

Croire que l’hospitalisation supprime la carence. Ce n’est pas le cas pour un indépendant, contrairement à certains schémas privés qui la neutralisent en cas d’hospitalisation immédiate.

Ignorer le seuil de revenu minimal. 4 806 € de revenu annuel moyen retenu, c’est peu, mais un début d’activité ou une année particulièrement basse peut suffire à passer sous ce seuil et à perdre tout droit à indemnisation.

Ne penser à la prévoyance qu’après un premier arrêt. Un contrat souscrit à froid, sans urgence, permet de choisir sereinement la franchise et le montant d’indemnités adaptés à votre trésorerie réelle. Notre guide sur comment choisir sa prévoyance TNS détaille cette méthode.

Questions fréquentes

Un indépendant touche-t-il quelque chose pendant les 3 premiers jours d’arrêt ? Non, sauf prévoyance complémentaire avec franchise courte. Le délai de carence de 3 jours s’applique au régime obligatoire de tous les indépendants, sans exception pour l’hospitalisation.

Quelle est la différence entre le régime d’un artisan et celui d’une profession libérale en arrêt maladie ? Un artisan ou un commerçant (SSI) touche une indemnité plafonnée à 65,84 €/jour, versée jusqu’à 360 jours sur 3 ans. Une profession libérale relevant de la CNAVPL touche jusqu’à 197,51 €/jour, mais seulement pendant 87 jours consécutifs, avant un relais incertain de sa caisse professionnelle.

Faut-il un revenu minimum pour toucher des indemnités journalières ? Oui, votre revenu annuel moyen retenu sur les 3 dernières années doit dépasser 4 806 € en 2026 (10 % du PASS), sans quoi aucune indemnité n’est versée.

La prévoyance complémentaire remplace-t-elle le régime obligatoire ? Non, elle vient s’ajouter aux deux premières couches (CPAM et, le cas échéant, caisse professionnelle) pour combler leurs plafonds et leurs délais, jamais pour s’y substituer entièrement.

Un indépendant blessé pendant son activité est-il mieux indemnisé qu’un arrêt maladie classique ? Non, sauf s’il a souscrit une assurance volontaire accident du travail-maladie professionnelle auprès de la CPAM. Sans elle, un accident survenu en exerçant son activité suit exactement les mêmes règles qu’un arrêt maladie ordinaire : 3 jours de carence, même plafond.

Que se passe-t-il en cas de congé maternité ou paternité ? Le congé maternité et le congé paternité suivent des règles distinctes de l’arrêt maladie classique, avec une allocation forfaitaire et des indemnités journalières spécifiques, sans délai de carence de 3 jours. Ce mécanisme mérite un traitement à part, propre à chaque situation professionnelle.