Arrêt maladie en auto-entrepreneur : quelle indemnisation réelle ?
Arrêt maladie en auto-entrepreneur : quelle indemnisation réelle ?
« J’ai cotisé, donc je suis couvert. » C’est la phrase que j’entends le plus souvent en rendez-vous avec des auto-entrepreneurs, et c’est là que je dois corriger le tir. Oui, un auto-entrepreneur touche des indemnités journalières (IJ) en cas d’arrêt maladie. Mais le montant réel surprend presque toujours à la baisse, pour une raison que la plupart ignorent : l’indemnisation n’est pas calculée sur votre chiffre d’affaires, mais sur un revenu théorique amputé d’un abattement forfaitaire, parfois de plus de moitié.
Concrètement, ça donne quoi ? Voici le calcul exact, poste par poste, et pourquoi deux auto-entrepreneurs au même chiffre d’affaires peuvent toucher des IJ du simple au double.
Le régime applicable : CPAM, comme un artisan ou un commerçant
Depuis la suppression du RSI, la quasi-totalité des auto-entrepreneurs (commerce, artisanat, prestations de services BIC ou BNC) relève du régime général des indépendants, géré par la CPAM. Les IJ suivent trois règles simples sur le papier :
- Une carence de 3 jours, pour un accident comme pour une maladie ordinaire depuis la réforme de 2022 : les indemnités démarrent au 4e jour d’arrêt.
- Une affiliation d’au moins 12 mois continus à la Sécurité sociale des indépendants pour votre activité.
- Un montant égal à 1/730e de votre revenu annuel moyen des 3 dernières années (le « RAAM »), plafonné à 65,84 € brut par jour en 2026.
Seule exception réelle : les micro-entrepreneurs exerçant une profession libérale réglementée rattachée à une caisse spécifique (CIPAV notamment, cas devenu rare depuis 2018) suivent les règles de leur caisse, avec un plafond CPAM à 197,51 €/jour pendant les 90 premiers jours puis un relais spécifique. Le comparatif des caisses libérales détaille ces régimes si c’est votre cas.
Le piège : le RAAM n’est pas votre chiffre d’affaires
C’est le point que la plupart des guides survolent. Pour un TNS classique au régime réel, le RAAM se base sur le bénéfice net déclaré. Pour un auto-entrepreneur, il n’existe pas de bénéfice net déclaré : l’administration applique un abattement forfaitaire sur votre chiffre d’affaires pour reconstituer un revenu théorique, et c’est ce revenu réduit qui sert de base au calcul.
Le taux d’abattement dépend de votre catégorie d’activité :
| Catégorie d’activité | Abattement forfaitaire | Revenu retenu sur 1 000 € de CA |
|---|---|---|
| Vente de marchandises, restauration, hébergement (BIC vente) | 71 % | 290 € |
| Prestations de services commerciales ou artisanales (BIC service) | 50 % | 500 € |
| Activités libérales et autres prestations (BNC) | 34 % | 660 € |
Faites le calcul : sur un même chiffre d’affaires, un auto-entrepreneur en vente de marchandises verra un revenu retenu presque deux fois plus faible qu’un consultant en BNC, alors que sa trésorerie réelle (marge sur achats) peut être très différente de ce ratio. L’abattement forfaitaire ne reflète jamais exactement votre rentabilité réelle : c’est une moyenne de branche appliquée uniformément.
Trois exemples chiffrés, trois montants d’IJ très différents
Prenons trois auto-entrepreneurs avec un chiffre d’affaires mensuel moyen comparable sur 3 ans, dans des catégories différentes.
Julien, vente de marchandises en ligne, CA moyen 4 000 €/mois (48 000 €/an). Revenu retenu après abattement de 71 % : 48 000 × 0,29 = 13 920 €/an (RAAM). IJ = 13 920 / 730 = 19,07 €/jour, soit environ 572 €/mois d’arrêt.
Camille, prestations de service à domicile, CA moyen 3 000 €/mois (36 000 €/an). Revenu retenu après abattement de 50 % : 36 000 × 0,50 = 18 000 €/an (RAAM). IJ = 18 000 / 730 = 24,66 €/jour, soit environ 740 €/mois d’arrêt.
Nicolas, consultant indépendant en BNC, CA moyen 3 000 €/mois (36 000 €/an). Revenu retenu après abattement de 34 % : 36 000 × 0,66 = 23 760 €/an (RAAM). IJ = 23 760 / 730 = 32,55 €/jour, soit environ 977 €/mois d’arrêt.
Le piège classique, c’est de comparer ces montants au plafond de 65,84 €/jour affiché partout et d’en déduire une bonne couverture. Sur le terrain, je vois trop d’auto-entrepreneurs découvrir seulement pendant l’arrêt que leur IJ réelle plafonne à un tiers, parfois un quart de leur chiffre d’affaires habituel, jamais aux deux tiers théoriques annoncés.
Le seuil qui exclut purement et simplement certains auto-entrepreneurs
Autre conséquence de ce calcul sur le revenu retenu, et non sur le CA : pour ouvrir le moindre droit à IJ, votre RAAM (donc votre revenu après abattement, moyenné sur 3 ans) doit dépasser 4 806 € en 2026 (10 % du PASS). En dessous, aucune indemnité n’est versée, quel que soit le montant de vos cotisations.
Un auto-entrepreneur en vente de marchandises avec 15 000 €/an de CA a un revenu retenu de 4 350 € (15 000 × 0,29) : sous le seuil, donc zéro IJ en cas d’arrêt, malgré des cotisations sociales payées chaque trimestre. Le même CA en prestations de services BNC donne un revenu retenu de 9 900 € (15 000 × 0,66), largement au-dessus du seuil. À chiffre d’affaires identique, l’un touche une indemnisation, l’autre rien.
Auto-entrepreneur ou salarié : une comparaison qui tourne rarement à l’avantage de l’indépendant
| Auto-entrepreneur (CPAM) | Salarié (régime général) | |
|---|---|---|
| Carence | 3 jours | 3 jours (+ carence employeur possible) |
| Base de calcul | RAAM après abattement forfaitaire, moyenné sur 3 ans | Salaire brut des 3 derniers mois |
| Taux | 50 % du revenu retenu | 50 % du salaire journalier de base |
| Plafond 2026 | 65,84 €/jour | Environ 52,28 €/jour (IJSS), souvent complété par un maintien de salaire employeur |
| Complément employeur | Aucun | Fréquent (conventions collectives) |
Le plafond CPAM d’un auto-entrepreneur est plus haut que celui d’un salarié, mais c’est trompeur : un salarié bénéficie très souvent d’un maintien de salaire complémentaire de son employeur, quasi inexistant côté auto-entrepreneur. La vraie IJ perçue par un auto-entrepreneur, calculée sur un revenu déjà réduit par l’abattement, se rapproche rarement du plafond affiché.
Combler l’écart avec une prévoyance complémentaire
Une garantie IJ complémentaire vient s’ajouter aux IJ CPAM, avec une franchise choisie (souvent 15, 30 ou 90 jours) et un montant fixé à la souscription. Pour un auto-entrepreneur au chiffre d’affaires modeste, quelques dizaines d’euros par mois suffisent souvent à doubler l’indemnisation réelle sur un arrêt long. La méthode complète pour chiffrer le montant à souscrire est détaillée dans notre guide sur le calcul des indemnités journalières TNS : elle s’applique à l’identique pour un auto-entrepreneur, en partant du revenu retenu réel plutôt que du chiffre d’affaires affiché.
Le panorama complet de la protection sociale du micro-entrepreneur situe cette question de l’arrêt maladie dans l’ensemble des droits (retraite, maladie, invalidité) auxquels un auto-entrepreneur peut prétendre.
Erreurs à éviter
- Calculer son besoin de couverture sur le chiffre d’affaires plutôt que sur le revenu réellement retenu par la CPAM : c’est la source numéro un des mauvaises surprises.
- Attendre l’arrêt de travail pour se renseigner : le calcul du RAAM porte sur 3 ans, une année de CA en forte hausse récente ne remonte le montant que progressivement.
- Ignorer le seuil de 4 806 € : un début d’activité avec un CA faible sur les premiers mois peut ne générer aucun droit à IJ pendant plusieurs années, particulièrement pour les activités à fort abattement (vente de marchandises).
Questions fréquentes
Un auto-entrepreneur touche-t-il des IJ dès le premier jour d’arrêt ? Non. La carence est de 3 jours, quel que soit le motif (maladie ou accident) depuis la réforme de 2022. Les indemnités démarrent au 4e jour d’arrêt, sous réserve d’avoir transmis l’arrêt de travail à la CPAM dans les délais.
Les IJ d’un auto-entrepreneur sont-elles imposables ? Oui, elles constituent un revenu de remplacement soumis à l’impôt sur le revenu et aux prélèvements sociaux, comme les IJ de tout indépendant relevant du régime général.
Peut-on estimer son RAAM avant d’avoir 3 ans d’activité ? Oui, mais le calcul se fait alors sur la moyenne des années d’activité réellement effectuées, ce qui pénalise les auto-entrepreneurs en début d’activité dont le CA monte en puissance progressivement. C’est une raison supplémentaire de ne pas attendre pour envisager une IJ complémentaire.
Julien Vasseur
Conseiller en protection sociale des indépendants depuis 15 ans.